La cantidad de aeronaves que cruzan el cielo de Gipuzkoa es notable, con un promedio de 436 vuelos diarios. Estos datos, correspondientes a julio de 2025, revelan que 13.538 vuelos fueron registrados en el territorio durante ese mes. Esto subraya la posición estratégica de Gipuzkoa como un punto de tránsito importante en la navegación aérea nacional e internacional, conectando aeropuertos relevantes como Madrid o Málaga con ciudades europeas de gran afluencia como París o Bruselas.

Según la información proporcionada por ENAIRE, la empresa pública encargada de la gestión de la navegación aérea en España, el 86% de estos vuelos eran de rutas internacionales. Las conexiones más frecuentes incluyeron Madrid-París Orly y Madrid-Ámsterdam. El espacio aéreo guipuzcoano es gestionado desde el centro de control aéreo de Madrid, ya que forma parte de la región Centro-Norte, que abarca una extensión de 435.000 kilómetros cuadrados.

Durante julio de 2025, el centro de control de Madrid gestionó un total de 123.583 vuelos en esta región, lo que representa un aumento del 4,6% respecto al mismo mes del año anterior. Aproximadamente una décima parte de estos vuelos pasaron por Gipuzkoa. Las principales aerovías que atraviesan el territorio lo hacen de sur a noroeste, pasando por zonas como Aizkorri, Ordizia, Tolosa, Peña de Aia y Bidasoa, y de sur a oeste por Aralar, Legazpi y Bergara.

La mayoría de estos vuelos se realizan por encima de los 9.500 pies de altura (2.895 metros), lo que significa que no son gestionados por los controladores aéreos del aeropuerto de Hondarribia. La torre de control guipuzcoana se encarga de lo que ocurre por debajo de esa altitud, principalmente despegues y aterrizajes de su propio aeródromo o aproximaciones al de Biarritz.