Los trabajos de restauración de la ermita de San Pedro Zarikete comenzaron en 1991, ante el inminente riesgo de derrumbe del edificio. Este proyecto, impulsado inicialmente por un vecino, contó con el apoyo de expertos de la EHU. La ermita, con una historia milenaria y fama curativa, es de gran importancia para la comunidad.

Las primeras intervenciones se centraron en la reparación del tejado para evitar el colapso de la estructura. Posteriormente, se realizaron catas e investigaciones más profundas que arrojaron resultados prometedores. El proyecto, superando las dificultades iniciales, atrajo a diversos especialistas y estudiantes, incluyendo a alumnos de Conservación y Restauración de la Facultad de Bellas Artes.

Durante el proceso de restauración, se descubrieron y preservaron varias cruces pintadas en las paredes. Además, se retranquearon los retablos de estilo barroco y clasicista para facilitar las excavaciones y evitar daños en las estructuras. Las catas en el suelo revelaron vestigios de enterramientos, aunque no fue posible una excavación completa en ese momento.

La asociación Zarikete Zarigune Kultur Elkartea, principal impulsora del proyecto, está organizando un congreso para 2027 con el fin de dar a conocer en profundidad los trabajos de restauración y sus hallazgos. La asociación subraya que la ermita no pertenece a la Iglesia, sino que es un patrimonio privado gestionado por los propios vecinos a lo largo de los siglos.