Pedro Mendizorrotz ibartarrak 1577an eskatu zuen frantziskotarren monasterioa eraikitzeko baimena, Gaztelarako bidean zuen lur eremua eskainiz. Erlijio ordenek herrietan kokatzeko azterketa bat egin behar izaten zuten, eta Tolosan, XVI. mendearen bukaeran, lau erlijio-ordena saiatu ziren kokatzen. Frantzisko de Tolosa zen frantziskotarren jenerala garai hartan. Komentua harresitik kanpo egoteak eta ate ondoan izateak lagundu zuen kokapenean, nahiz eta eraikinak zaurgarria izaten jarraitu zuen.
Miguel Aranburu fraide zeraindarrak diseinatu zuen eta Pedro Mendiola harginak gauzatu zuen lana, 1597an amaituta. Eliza soila da, kareharrizko harlanduzko fatxada eta bi armarri dituena. Nabe bakarra eta kanoi-ganga ditu, eta bertan Pablo Uranga pintorearen freskoak daude. Monumentu historiko-artistiko izendatua dago.
Ambrosio Bengoetxea alkizarrari enkargatu zitzaion 1604an erretaula nagusia, eta 1615ean jarri zuten. Errenazimendu estiloko obra garrantzitsua da, bere irudien espresioagatik eta polikromiagatik nabarmentzen dena. XVII. mendean zehar Manuel Rekalde, Domingo Idiaga eta Nicolas Zumeta aritu ziren eraikuntza lanetan, 1674an amaituz. Orubeak 12.300 m2 zituen, mendiak eta baratzeak barne.
Komentuaren osagarri, Isabel Idiakezek, Juan Martinez Rekalde almirantearen alargunak, 1612an San Jose ikastetxea ireki zuen. Manuel Rekalde harginak egin zituen eraikuntza lanak 1631 eta 1644 artean. Bi mendez funtzionatu zuen ikastetxeak, eta dorrea Aranburu arkitekto berak egin zuen 1640-42an.
Napoleon Bonaparte enperadoreak 1808an bisitatu zuen komentu. 1814an sute batek dena suntsitu zuen, eliza izan ezik, eta eskola itxi zen. XIX. mendean, desamortizazioaren eta karlistaden ondorioz, komentuak hainbat alditan utzi behar izan zuen bere egoitza, eta kuartel, ospitale eta biltegi gisa erabili zen. 1901ean beste sute bat izan zen komentu hutsean eta ikastetxean.
XIX. mendearen bigarren erdian eta XX. mendearen hasieran hainbat eraikin berri egin ziren komentuaren inguruan: pasealekua (1848), trenbidea (1863), frontoia (1890), Artxibo Probintziala (1904), eta beste hainbat. 1915ean komunitate frantziskotarra itzuli zen Tolosara eta komentu xumea eraiki zuten.
1936ko gerraren ondoren, euskara eta euskal kulturak garrantzi handia hartu zuten komunitatean. Arantzazuko santutegian sortu zen euskara batua, eta bertako fraide batzuk Tolosan izan ziren. Jose Antonio Garate k bultzatutako Goiz argi aldizkaria eta Arantzazuko egutegia bertan sortu ziren. Jakin aldizkariaren administrazioa ere bertan egon zen 1968tik 1978ra. Frantziskotarren abesbatza ere izan zen 1949tik 1965era, Pedro Peñagarikano ren ardurapean.
XX. mendearen erdialdean Arantzazuko erromesaldiek arrakasta handia izan zuten. 1970ean Eldua eta Berrobiko elizen ardura hartu zuten, eta 1979an San Frantzisko eliza herriko hirugarren parrokia izendatu zuten.
Gaur egun, bokazio faltagatik eta gizartearen laizizazioagatik, frantziskotarren eliza gutxi geratzen dira Euskal Herrian. Tolosan hiru fraide baino ez dira gelditzen, eta ekainean erabakiko dute haien etorkizuna. Udalak interesa agertu du komentuan harrera etxeak egiteko eta elizan kultur ekitaldiak antolatzeko.
