Bilbao Zerbitzuak, la empresa municipal gestora del mercado, está analizando si las tasas que percibe deben estar sujetas al impuesto sobre el valor añadido (IVA), especialmente en lo referente al espacio de almacén que los minoristas utilizan dentro del edificio municipal. Un órgano de arbitraje dependiente del Departamento de Hacienda y Finanzas de la Diputación Foral ha dado la razón a los comerciantes, dictaminando que no procede el cobro del IVA, tanto por la naturaleza de administración pública de la entidad como porque las tasas están exentas de este impuesto.

Los comerciantes consideran que este caso, el del almacén, es extrapolable a la tasa que pagan por sus puestos. Estiman que el Ayuntamiento de Bilbao les habría cobrado indebidamente cerca de dos millones de euros en concepto de IVA durante más de 15 años. Adriana Soga, responsable jurídica de Bilbao Zerbitzuak, defendió que existe un "marco de interpretación abierto" sobre cómo debe proceder la sociedad municipal y la naturaleza de los cobros, aunque la resolución foral fue tajante. La representante de la empresa municipal señaló que la resolución afecta a una factura concreta y que extrapolar la no aplicabilidad del IVA al resto de tasas sería "irresponsable", si bien admitió que "puede que haya situaciones semejantes".

Desde el PP, Esther Martínez cuestionó a quién beneficia la aplicación irregular del IVA y criticó la gestión del mercado, que a su juicio está en declive por "abandono institucional", señalando la disminución de puestos y la afluencia de turistas. Criticó la falta de seguridad, con un solo vigilante para 10.000 metros cuadrados. El concejal de Salud y Consumo, Álvaro Pérez, afirmó que el IVA se aplica desde anteriores mandatos y que son "meros recaudadores". El resto de formaciones reconocieron la complejidad del asunto, mientras que la asociación de comerciantes advirtió que "vamos a ir hasta el final" para revertir lo que consideran un "error de gestión de libro".